南京大学商学院起源于1902年三江师范学堂时期的商科，1952年中国大学院系调整时，南京大学的经济学科和管理学科调整到其他院校。1978年，南京大学恢复经济学系；1986年，成立管理学系；1988年，成立南京大学国际商学院；2000年，国际商学院更名为商学院。
自1988年成立以来，南京大学商学院逐步形成了多学科协调发展的格局，目前设有经济学院和管理学院，其中经济学院有经济学系、国际经济贸易系、金融与保险学系、产业经济学系4个系以及人口研究所，管理学院有工商管理系、会计学系、营销与电子商务系和人力资源管理学系4个系。全院拥有本科专业11个，硕士点（含MBA，EMBA，MPAcc，国际商务，金融，审计）17个，一级学科博士学位授权点3个（理论经济学、应用经济学、工商管理），二级学科博士点12个，博士后流动站3个（理论经济学、应用经济学、工商管理），国家重点学科2个（政治经济学、企业管理），国家重点培育学科1个（世界经济），国家级基础学科人才培养基地1个（经济学），教育部人文社会科学重点研究基地1个（南京大学长江三角洲经济社会发展研究中心），国家级协同创新中心1个（参与南开大学牵头的 中国特色社会主义经济建设协同创新中心 ），首批江苏省高校协同创新中心1个（牵头成立建设 区域经济转型与管理变革协同创新中心 ）。国家级教学团队1个，教育部长江学者创新团队1个。
南京大学商学院拥有一支学术水平高、影响力大、年富力强的师资队伍。全院教师176人，其中教授71人，副教授56人，助理教授24人。国家有突出贡献的青年专家2人，南京大学人文社科资深教授2人，南京大学文科荣誉资深教授1人，教育部 长江学者奖励计划 特聘教授7人，国家级教学名师3人，享受国务院特殊津贴专家15人，教育部 跨世纪优秀人才培养计划 2人，人事部、教育部 百千万人才工程 4人，教育部 新世纪优秀人才培养基金 15人，国家自然科学基金优秀青年基金项目获得者1人，国家 万人计划 教学名师1人， 万人计划 哲学社会科学领军人才2人， 万人计划 青年拔尖人才1人。
商学院人才培养成效显著。目前在校生约5000人，其中本科生1526人，研究生（含专业硕士）3529人。商学院已先后获得国家级教学成果奖一等奖2次，教育部高等教育教学成果二等奖5次，江苏省高等教育教学优秀成果特等奖2次，一等奖3次。入选全国优秀博士学位论文4篇、提名论文2篇，入选全国 百篇优秀管理案例 22篇。
商学院还与荷兰马斯特里赫特管理学院、美国康奈尔大学、约翰·霍普金斯大学、密苏里大学、德国哥廷根大学开展了多项合作，共同培养优秀的国际化管理人才。2013年6月10日，南京大学商学院正式获得国际精英商学院协会（简称 AACSB ）认证。
一直以来，南京大学商学院以 创造商学新知，拓展学生才能，引领社会未来 为使命。全院师生员工正在奋发图强，凝心聚力，为打造 国内领先，国际一流 的商学院而努力奋斗！
