基础医学与临床药学学院成立于2015年，下设有生理学系、基础医学系、临床药学系、转化医学研究中心和疫苗中心，是以基础医学研究为支撑、临床精准治疗为目标、临床药学人才培养为核心、成果转化为特色的教学科研型学院。学院现有教职工74人，其中专任教师57人，专任教师中正高职称20人、副高职称25人。现有院士1人，国家 万人计划 科技创新领军人才1人；国家 创新人才推进计划中青年科技创新领军人才 1人；国家 百千万工程国家级人才 1人；国家 优秀青年 基金获得者1人；享受国务院政府特殊津贴2人。
学院目前有基础医学一级学科硕士点，拥有药理学、临床药学、药物代谢动力学 3个博士招生学科；基础医学、药理学、临床药学、药物代谢动力学4个学术学位硕士招生学科，药学（临床药学方向、药物安全性评价研究方向、药物靶向性研究与药效评价）、生物与医药（成药性评价技术与工程）4个专业学位硕士招生专业或方向。学院临床药学本科专业，为教育部首个批准招生的五年制临床药学本科专业，国家一流专业建设点、江苏省特色专业，全国首家通过专业认证。
学院现有学生944名，其中本科生306人，硕士生545人，博士生93人，研究生人数占比超过本科生。
学院拥有多个省部级科研平台。承担有国家重大科技专项、国家自然科学基金重点项目、重大研究计划和面上项目、江苏省自然科学基金、企业合作项目等各级各类课题。学院拥有中国药科大学南京市第一医院、南京鼓楼医院两家临床医院和十几家实践基地。近年来获得国家科技进步奖二等奖1项，江苏省科技进步二等奖1项，国家教学成果奖一等奖1项，江苏省教学成果奖特等奖1项、一等奖1项。
