嘉兴市农业科学研究院始成立于1956年，原为嘉兴农业试验站，隶属浙江省农科所。1958年更名为嘉兴地区农业科学研究所，1984年撤地建市改称嘉兴市农业科学研究所，1998年建立嘉兴市农业科学研究院。
嘉兴市农科院是一个以应用研究为主的纯公益型农业科研单位，着重解决当地农业生产中的关键性和共性技术问题。60多年里，选育出了208余个水稻、大麦、蔬菜等农作物新品种，开展了一系列卓有成效的农业技术研究与推广工作，培养和凝聚了一大批优秀人才，为嘉兴市、浙江省乃至长三角农业和农村经济发展作出了重要贡献。
嘉兴市农科院将以建设好嘉兴市 农业科技创新基地、成果示范转化基地、对外合作交流基地、技术培训服务基地和人才培养基地 为目标，创建长三角地区第一流地市级农科院，继续为嘉兴市生态高效都市型农业的发展提供技术支撑。
