安徽医科大学基础医学院始建于1976年，初建时称基础医学部，2000年2月正式更名为基础医学院，是安徽医科大学最重要的教学、科研、社会服务、学生管理的部门单位之一。
学院拥有一支学科、学源、学历、职称结构较为合理和一大批爱岗敬业，默默奉献的医学专业教师队伍，现有教职工241人，其中教授29人，副教授43人，讲师79人，高级实验师13人。有全国模范教师1人，全国优秀教师1人，省级劳动模范6人，省级教学名师3人，省级教坛新秀3人。目前，具有硕士或博士学位的教师153人，占教师人数的87．9%，其中，已取得博士学位的有43人，在读博士22人，在读硕士11人。
近年来，有国家百千万人才工程第二层次人选1人、省学术技术带头人1人，省学术技术带头人后备人选7人；有12人入选省学科带头人培养对象、13人被选为省高校中青年骨干教师。3人入选省高校 十五 拔尖人才、4人入选省高校 十五 中青年学科带头人培养对象、5人入选省高校 十五 优秀中青年骨干教师。91年以来，先后有49人分别享受国务院或省政府特殊津贴。
学院现有16个教研室、4个省级基础课实验教学示范中心、1个综合实验中心和1个基础医学研究所（下设天然药物、神经生物学、病理与法学、临床与病毒、人兽共患病5个研究所和1个过敏与免疫研究中心），近年来，在学校和上级主管部门的关心支持下，仪器设备总值已超3000万元。
学院始终坚持以重点学科为龙头，以科研促教学，科研促学科建设。现有4个省级重点学科，9门省级精品课程，2个博士学位授权点，12个硕士学位授权点。省级重点实验室1个，2004年以来共承担各类科研课题157次，获得资助经费近1000万元，其中国家、省部级科研课题88项，厅、委级课题41项，其他课题28项；发表专题学术论文665篇，其中SCI源期刊112篇，国家核心期刊359篇；出版专著、主编参编教材90人次；获专利6项；参加国内外各类学术会议562人次；主办或承担全国或区域学术会议29次；获得科研成果31项，其中省部级科研成果一、二、三等奖10项，厅级奖15项。
学院1999年生物技术专业（四年制本科）开始招生，2001年新增基础医学专业（五年制本科），2002年新增临床医学（病理检验）专科专业，2008年新增临床医学（病理检验方向）本科专业，2009年新增生物医学工程本科专业。学院一贯重视毕业学生的就业指导工作，始终把提高学生就业率作为第一要务来抓。2003、2004届生物技术毕业生年就业率连续两年达到100%，并受到学校表彰 。
