中国科学院遗传与发育生物学研究所（简称：遗传发育所）最早成立于1959年。2001-2003年，由原中国科学院遗传研究所、发育生物学研究所及石家庄农业现代化研究所整合而成。现任所长杨维才博士。
截至2019年底，共有90个研究组，职工535人。其中院士5人，国家杰出青年科学基金获得者30人。现有2个一级学科生物学和一级学科农业资源与环境博士学位授权点，1个一级学科作物学硕士学位授权点和1个专业学位硕士授权点，并设有一级学科生物学博士后流动站。共有在学研究生811人（其中硕士生240人、博士生571人）。在站博士后128人。
遗传发育所面向我国农业和人口健康的重大战略需求和生命科学前沿，重点开展基因组结构与调控规律、细胞发育分化分子机理、重要农艺性状分子解析、农业生态可持续发展、前沿学科交叉领域的研究，揭示水稻、小麦等基因组表达调控规律、阐明细胞分化的分子机制和建立新的品种设计理论与技术体系，为解决遗传与发育生物学领域重大科学和技术问题做贡献。
研究所下设基因组生物学、分子农业生物学、发育生物学、分子系统生物学和农业资源5个研究中心。拥有植物基因组学、植物细胞与染色体工程、分子发育生物学3个国家重点实验室、中国科学院农业水资源和河北省节水农业2个院省级重点实验室、河北栾城农田生态系统国家野外观测试验站，是国家植物基因研究中心（北京）的依托单位，设有栾城农业生态系统试验站、南皮生态农业试验站、太行山山地生态试验站、海南陵水南繁育种基地。
遗传发育所分别在江苏扬州、浙江嘉兴、新疆石河子、天津、青岛等地建立了8个以水稻、小麦、棉花、蔬菜等为重点研发对象的分子育种联合中心；在黑龙江哈尔滨建立了中科院北方粳稻分子育种联合研究中心；在天津和呼和浩特建立了大动物（奶牛）育种基地；在海南陵水、河北赵县建立了作物繁育基地；与沈阳军区合作建设新民、老莱、盘锦育种基地。2019年，内蒙库伦旗的科技扶贫工作得到侯建国等院领导的高度肯定。中国湖羊产业研究院/遗传发育所盐城联合科技创新中心、中科东营分子设计育种研究中心开始运行。研究所与宁夏农科院签约，共建黄河西部罐区水稻新品种示范基地。与天津食品集团签约，共同推进天津小站稻振兴计划。与深圳华大生命科学研究院签署战略合作框架协议，共建细胞与多维态组学联合研究中心。
在国际合作方面，研究所与英国利兹大学、澳大利亚阿德莱德大学、新西兰梅西大学、日本奈良先端科学技术大学和日本农业生物资源研究所等多国的研究所、大学，在前沿科学研究、双边学术研讨、建立联合研究中心、互派高级学者和优秀研究生等方面开展深层务实合作；研究所分别与先正达生物技术公司和杜邦先锋公司开展合作研究。2019年，中国科学院-英国约翰英纳斯中心植物和微生物科学联合研究中心（CEPAMS）持续发展，第一个5年合作顺利完成，已初步建设成一个具有国际化视野、目标卓越的实体化中英联合科研中心。
2019年，遗传发育所共发表SCI论文428篇。发表CNS论文8篇（第一/通讯作者论文4篇），在全国生命科学领域科研机构中名列前列，CNS类论文39篇（第一/通讯作者论文28篇）。授权专利57项，获得软件著作权1项。审定（登记）作物新品种11项，获得植物新品种权3项，当年品种推广面积543.32万亩。分子设计育种研究取得重大突破性进展，2019年 中科发5号 示范总面积超过2万亩。渤海粮仓科技示范工程项目破解盐碱地改良世界级难题，解决水土资源制约粮食增产核心问题。干细胞联合可注射胶原材料治疗缺血性心脏病临床研究完成一周年随访，是目前世界上第一个可注射材料联合干细胞治疗心脏病的临床研究。
遗传发育所是中国遗传学会的挂靠单位，负责编辑出版《Journal of Genetics an d Genomics》、《遗传》和《中国生态农业学报》。
