南京中医药大学药学院始建于1960年，其前身为南京中医学院中药系，是全国创建最早的中药高等教育院（系）之一。1995年更名为南京中医药大学中药学院，2000年更名为南京中医药大学药学院。2009年南京中医药大学中医药研究院与药学院合并，发展至今。
药学院经过50多年的建设，在师资队伍、办学条件、教学及科学研究等各方面都取得了较快的发展。现设有中药学、药学、药理学3个学系；实验教学和分析测试2个中心；下设27个教研室（实验室），以及院所合一的 药物研究所 和 新药研究中心 ；2010年还以校企联盟的形式与江苏康缘药业股份有限公司合作共同创建 康缘中药学院 。
学院现设有中药学、中药资源与开发、药学、制药工程、药物制剂、生物制药、中药制药、食品质量与安全等8个本科专业，并有生物制药、食品质量与安全中外合作办学项目。其中，中药学专业为国家特色专业和江苏省品牌特色专业，中药资源与开发专业为国家特色专业和江苏省特色专业，中药学类（中药学、中药资源与开发、中药制药）和药学专业为江苏省重点专业（建设）。中药炮制学为国家精品课程，中药炮制学、中药鉴定学、中药药剂学、中药化学、中药药理学和临床药理学为江苏省精品（优秀）课程。中药炮制、中药化学实验技术为研究生优秀课程。同时拥有中药学一级学科博士学位授权点和博士后流动站，药学一级学科硕士点和中药学专业学位硕士点，形成了本科、硕士、博士完整的教学层次和人才培养体系。学院现有本科生2327名，硕士研究生411名，博士研究生56名，博士后11名。
学院秉承 尚德务实、精诚卓越 的办学理念，历经几代药学专家的辛勤耕耘，已经成为实力雄厚、教学科研水平名列前茅的高等中药教育基地。学院现有教职员工190人，其中教授33名、副教授52名，博士研究生导师26名，硕士研究生导师67名。学院有国家973计划首席科学家1名，全国 百千万 跨世纪学科学术带头人第一层次人选1名，国务院学科评议组成员1名，国家有突出贡献中青年专家1人，全国优秀科技工作者1人，全国师德建设先进个人1名，国家药典委员会委员2人，享受国家政府津贴专家10人，教育部优秀教师1人，教育部 新世纪人才支持计划 入选者3名，江苏省 333 高层次人才培养工程第一层次1人、第二层次2人、第三层次19人，江苏省六大人才高峰14人，江苏省 青蓝工程 中青年学术带头人培养对象10人、优秀骨干教师13人，省级优秀科技创新团队6个，江苏省有突出贡献的中青年专家4名，南京市有突出贡献的中青年专家1名，江苏省 五一 劳动奖章获得者1名，江苏省青年科技奖2名，江苏省优秀科技工作者5名，国家与江苏省新药评审专家14人。
学院学科建设成绩喜人，2002年中药学学科被国家教育部确认为国家重点学科，2007年再次被国家教育部认定为中药学一级国家重点学科。中药学学科2010年被江苏省教育厅确认为江苏优势学科并启动一期建设。2012年经教育部学位与研究生教育发展中心评估，我校中药学综合排名在全国同类一级学科中并列第二，成为国内外很有影响的重点学科。2009年，中药炮制学、中药药理学和药用植物学被遴选为国家中医药管理局重点学科。2012年，中药药剂学、中药化学和中药资源化学被遴选为国家中医药管理局重点学科。
在教学科研条件建设上，形成了1个江苏省 2011协同创新中心 （中药资源产业化过程），5个江苏省重点实验室（方剂研究、方剂高技术研究、中药炮制、中药药效与安全性评价、海洋药用生物资源研究与开发），1个国家科技部规范化实验室（中药药理），5个中央与地方共建实验室（中药制剂与制药工程、中药药理、中药资源与鉴定、中药炮制、中药种子与资源），5个国家中医药管理局三级科研实验室（中药质量标准、中药制剂、中药炮制、中药化学、中药药理实验室）。建有国家发改委中药资源产业化与方剂创新药物国家地方联合工程研究中心、国家教育部中药炮制工程研究中心、江苏省植物药深加工工程研究中心、江苏省中药质量控制工程技术研究中心、江苏省理血方剂创新药物工程中心、江苏省中药高效给药系统工程技术研究中心、江苏省海洋药物研究与新药开发中心、国家中医药管理局中药炮制与饮片标准重点研究室和3个省级实验教学示范中心。
学院仪器设备先进，除拥有红外分光光度计、紫外分光光度计、原子吸收光谱仪、薄层扫描仪、气相色谱仪、全自动生化分析仪、多导生理记录仪、毛细管电泳仪，PCR扩增仪、Maclab数据采集系统、全自动凝血分析仪、心脑血管功能测定仪、荧光显微镜、超临界CO2萃取仪等常规仪器外，尚拥有蛋白质质谱仪、高效液相飞行时间质谱仪、超高效液相三重四极杆质谱仪等。这些仪器为药学院的教学和科研提供了良好的基础条件和先进的研究手段，为把药学院各学科的研究推向国际药学研究的前沿奠定了良好基础。
长期以来，药学院坚持创新科技发展战略，瞄准中医药发展前沿，面向国家和区域发展重大需求，积极开展基础研究和创新技术研究，加强应用研究和成果转化。近三年，学院获得国家级、省部级、境外合作科研项目立项课题共计140余项，科研经费达1.27亿元，包括主持国家973计划项目1项，国家 十二五 科技支撑计划3项和国家重大行业专项6项；横向合作项目109项，到帐经费达2800万元；在国内外学术核心期刊发表论文700多篇，包括SCI论文近300篇；获得授权国家专利82件，新药证书和技术成果转让8件，转让经费1510万元。获得国家科技进步二等奖1项，部省级科技奖励7项。
在研究生教育方面，学院坚持 以质量为核心，以创新为灵魂 ，全面推进全过程研究生教育质量保障体系建设，获得全国优秀博士学位论文提名奖2篇，江苏省优秀博士学位论文8篇，江苏省优秀硕士学位论文12篇，获得江苏省研究生创新计划项目30项。学院本科生人才培养硕果累累，学生的科研、实践能力得到了充分锻炼和提高。近三年来，药学院学生在 挑战杯 全国大学生课外学术科技作品竞赛系列竞赛中取得特等奖1项、一等奖1项、二等奖3项、三等奖3项；获得挑战杯中国大学生创业计划竞赛金奖1项；入选国家级大学生创新创业训练计划38项，省级73项；获全国医药院校药学类专业大学生实验技能竞赛特等奖1项、一等奖1项、二等奖2项；获第一届 远志杯 全国高等中医药院校大学生课外学术科技作品竞赛一等奖1项。学院近五年获得江苏省普通高等学校本专科优秀毕业（设计）论文奖励25人次，应届毕业生考研录取率超过20%，各专业毕业生就业率稳定在95%左右。
学院以开放的视野，积极开展国内外交流与合作，努力提高人才培养质量。学院与美国Harvard Medical Sch- ool、澳大利亚Griffith University、英国Queen´s University（Belfast）、香港浸会大学、香港科技大学、日本富山医科药科大学、熊本大学、大阪大学、英国University of London，加拿大University of Toronto、加拿大Saint Mary´s University、新加坡Nanyang Technological University、韩国又石大学、澳门大学、澳门科技大学、台湾长庚大学、北京大学、清华大学、浙江大学、南京大学、中国药科大学、第二军医大学、中国中医科学院、中国协和医科大学等国内外著名高校与科研院所建立了长期稳定的教学科研协作关系。与全国医药企业、研究院所、药检院（所）、医院等88家单位建立了稳定的教学实习基地。教学、科研和科技成果转化总体实力位居全国同类院系前列。
展望未来，药学院将牢固确立人才培养的中心地位，树立科学的高等教育发展观，坚持稳定规模、优化结构、强化特色、注重创新，走以质量提升为核心的内涵式发展道路。学院将进一步彰显中药学专业优势和特色，紧贴行业需求，提高管理水平，注重教学和科研并举，积极发展学院和企业联盟，力争把学院建设成为师资力量雄厚、教学科研成果均居国内同类院系前列的一流药学院。
