中国科学院数学与系统科学研究院(以下简称数学院)成立于1998年12月, 是由中科院数学研究所(建于1952年)、应用数学研究所(建于1979年)、系统科学研究所(建于1979年)及计算数学与科学工程计算研究所(建于1995年)四个研究所整合而成。首任院长是杨乐院士,继任院长是郭雷院士,第三任学术院长为席南华院士、执行院长为王跃飞研究员,现任院长是席南华院士。
数学院是一个综合性的国立学术研究机构,覆盖了数学与系统科学的主要研究方向。目前,数学院除了下属的四个研究所以外,还有五个中心,分别为中科院数学科学科教融合卓越创新中心、中科院国家数学与交叉科学中心、华罗庚数学科学中心、中科院晨兴数学中心和中科院预测科学研究中心。此外,还有中科院科学与工程计算国家重点实验室、中科院管理决策与信息系统重点实验室、中科院系统控制重点实验室、中科院数学机械化重点实验室,中科院华罗庚数学重点实验室、中科院随机复杂结构与数据科学重点实验室等。2000年以来,根据学科发展和实际需求, 数学院还成立了若干建立在交叉学科基础上的研究中心。
数学院科研队伍实力雄厚,现有职工326人,其中科研人员243人,包括 两院 院士16人,第三世界科学院院士6人;国家海外高层次人才引进计划(千人计划)入选者4人, 青年千人计划 入选者8人;国家杰出青年基金获得者43人和中科院 百人计划 入选者23人。