中国科学院地质与地球物理研究所是1999年6月由中国科学院地质研究所和中国科学院地球物理研究所整合而成。2004年，中国科学院武汉物理与数学研究所电离层研究室整体调整到本所。整合后的地质与地球物理研究所是目前中国最重要和最知名的地学研究机构之一。
研究所现有在岗人员756人，其中具有高级专业技术职务322人，中国科学院院士17人，中国工程院院士1人，国家杰出青年基金获得者36人， 千人计划 入选者11人，中国科学院 百人计划 入选者16人，基础研究发展计划（973）首席科学家7人，国家自然科学基金委创新研究群体7个。2009年获中组部授予 海外高层次人才创新创业基地 ，2014年获科技部授予 创新人才培养示范基地 。研究所是国家最早确定的硕士、博士研究生培养基地和博士后流动站单位，是中国科学院首批博士生重点培养基地，现有研究生673人（含留学生21人），博士后198人。
研究所建有岩石圈演化国家重点实验室，以及地球与行星物理、页岩气与地质工程、矿产资源研究、油气资源研究、新生代地质与环境等五个中国科学院重点实验室和深部资源探测先导技术与装备研发中心。技术平台现有技术支撑人员193人，目前已建成地球物质成分与性质分析、地质年代学测定、地球内部结构探测、空间环境观测野外台站、古环境数据分析、数据计算处理与数值模拟、深部资源勘探装备研发等七大技术平台系列，具备了对从空间地磁环境观测到地球深部探测与数值模拟进行全方位综合研究的能力。牵头组建 中国科学院北京地球系统与环境科学大型仪器区域中心 ，为研究所乃至国际上地球系统科学的研究提供强有力的技术支撑。
