1958年7月，为加快安徽建设，改变皖北地区人民群众缺医少药的局面，国家决定由原上海第二医学院（现上海交通大学医学院）援建创立蚌埠医学院。
学校现为安徽省省属普通高等医学院校，是国家首批具有学士和硕士学位授予权单位、国家首批卓越医师教育培养计划试点高校、国家首批大学生创新创业训练计划试点高校、国家首批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校、教育部硕士研究生推免高校、安徽省高校综合改革首批试点单位、安徽省院士工作站和博士后岗位设置单位，是暨南大学、陆军军医大学博士研究生联合培养单位。学校是国家级大学生创新创业实践基地和国家级大学生校外实践教育基地，教育部临床医学 5+3 改革试点高校。
学校坐落于淮河流域重要的交通枢纽城市——蚌埠，濒临千里淮河，承山水涵养之灵气，传杏林济世之流芳,现有龙子湖校区、治淮校区、宏业校区、淮上校区和高铁校区，占地面积1760余亩，是安徽省园林式单位和绿化模范单位，安徽省首届教育系统文明单位和安徽省第十一届文明单位。
学校现有教职医护员工近6000人（含直属附属医院），专任教师中教授131人、副教授349人，硕士生导师602人、联合培养单位博士生导师14人，具有博士学位的教师265人，硕士学位的教师593人；有全国优秀教师、全国模范教师、省级教学名师等54人，省级教学团队15个；有全国卫生健康系统先进工作者、省学术和技术带头人及后备人选、省卫生系统青年领军人才、江淮名医等62人，享受国务院、省政府特殊津贴专家60人，聘请两院院士、国家杰青等知名学者29名担任特聘教授。现有2所直属附属医院、13所非直属附属医院和多家教学医院、实习医院和实习基地。2所直属附属医院承担着淮河流域和皖北地区4000多万人口的医疗服务任务，服务范围辐射苏、鲁、豫、皖等区域。
学校坚持 以医为本、以本为本、以生为本、以质为本 办学理念，现拥有医学、理学、工学、管理学、教育学5个学科门类，29个本科专业，全日制在校本科生12599名，硕士研究生1732名（含留学生）；有6个一级学科硕士学位授权点和5个硕士专业学位授权类别；临床医学学科进入ESI全球排名前1%。学校拥有1个国家级特色专业、1个国家级综合改革试点专业、1个国家级临床教学培训示范中心、3个国家级一流本科专业建设点、8个省级一流本科专业建设点，10个省级特色（品牌）专业，11个省级综合改革试点专业，2个国家级重点专科、4个省级重点学科、17个省级重点专科和重点培育专科、2个特色专科，2个国家新药Ⅰ期临床研究基地，1个国家级科研平台 国家感染性疾病临床医学研究中心核心合作单位 ，3个省级重点实验室、3个省教育厅重点实验室，1个省级工程技术中心，1个省人文社科重点研究基地，1个省级临床医学研究中心，1个安徽省高校高峰学科，8个省级示范实验实训中心，3个省级虚拟仿真实验教学中心，3个省级人才培养模式创新实验区。
学校充分发挥高校科研人才优势，积极服务地方经济社会发展。近年来，承担省部级及以上科研项目700余项，其中，国家自然科学基金项目60余项；获省部级以上奖励近40项，其中，国家科学技术进步奖二等奖3项；获国家专利80项，发表SCI、EI、CSSCI检索收录论文1800余篇；主编国家、教育部、卫生部等各类规划教材13部，参编42部，公开出版发行《蚌埠医学院学报》《中华解剖与临床杂志》《中华全科医学》3种学术刊物。学校积极开展国内外学术交流活动，先后与美、法、德、日、澳、韩等国以及港澳台地区学术机构、高等院校建立了协作关系。
学校人才培养质量一直保持较高水平。近年来，临床医学专业毕业生国家执业医师资格考试年均总通过率高出全国平均通过率近8%；连续7年晋级全国高等医学院校大学生临床技能竞赛总决赛，获一等奖1次、二等奖4次、三等奖2次；获全国首届医学影像专业大学生实践技能大赛团体特等奖、全国首届护理本科临床技能大赛一等奖、全国首届医药院校药学/中药学专业大学生创新创业暨实验教学改革大赛一等奖和实验技能竞赛一等奖。理学、工学等学科人才开始在全国崭露头角，在数学建模、软件设计、大学生学术科技作品等大赛和体育竞技中获国家级奖项160余个、省部级奖项190余个。
学校始终坚持社会主义办学方向，贯彻党的教育方针，落实 立德树人 根本任务，把社会主义核心价值观贯穿于教育教学全过程。近年来，涌现出 最美列车＊＊＊ 林雪、路边救助突发心脑血管疾病老人的薛帅帅、冲下公交施救路边昏倒老人的计星胜、路遇伤者积极施救的周青、 最美列车教师 张静、安徽省道德模范闻仲等众多感动社会的先进人物。中央电视台多次专题报道，引发社会强烈反响，多名师生入选 安徽好人 。
63年办学历程中，一代代蚌医人薪火相传、励精图治，铸就了 艰苦创业、严谨治学、精诚为医、团结奉献 的蚌医精神，凝练出 笃学、精业、修德、厚生 的校训，培养出十万余名高素质医药卫生人才，他们中既有以中国工程院院士刘德培、中国科学院院士段树民、陈孝平、王福生等四名院士为代表的医学科学领军人物，也有以 白求恩奖章 获得者、阜阳市人民医院儿科医生刘晓林为代表的一大批扎根基层、救死扶伤、深受群众信赖的临床业务骨干和医药卫生管理干部，为国家卫生健康事业和经济社会发展做出了重要贡献。
2018年7月，学校第八次党代会提出建成 全国知名区域一流的高水平医科大学 的奋斗目标。当前，在校党委带领下，全校师生医护员工凝心聚力、苦干实干，为实现 全国知名区域一流高水平医科大学 的奋斗目标，为新阶段现代化美好安徽建设正不懈努力奋斗！
