1971 年，为响应周恩来总理 加强对慢支炎及肺心病防治 的号召，广州医科大学附属第一医院成立了 慢支炎防治小组 （团队研究成果1978 年获得全国科学大会奖）。1979 年 广州呼吸疾病研究所 在此基础上成立，成为国内最早的呼吸疾病研究机构之一。2017年8月，广州市机构编制委员会同意更名为 广州呼吸健康研究院 （下简称呼研院）。从2003年抗击非典开始，到救治H5N1、H1N1、H7N9、H5N6、MERS流感重症患者过程中，呼研院厚积薄发、勇挑大梁，用实际行动践行服务社会的承诺。
呼研院在领军人物钟南山院士的带领下，坚持基础研究与临床医学的紧密结合，不断开拓创新，逐步发展壮大。经过长期凝炼，呼研院逐步形成了稳定、富有特色的研究方向，集中在重大呼吸道传染病与肺损伤、支气管哮喘与慢性咳嗽、慢性阻塞性肺疾病和肺部肿瘤四个领域。其战略定位是面向国家呼吸疾病研究所的重大需求，瞄准国际呼吸疾病领域临床与基础研究的前沿，凝聚和培养一批国内外呼吸疾病相关研究领域杰出科学家的创新团队。呼研院现已建成国家呼吸疾病临床医学研究中心、国家临床药物试验机构（呼吸专业）及五个国家临床重点专科（呼吸内科、重症医学、变态反应疾病学、肿瘤学和胸外科）和一个国家重点建设学科（中西医呼吸）。
如今，呼研院设有床位350多张，国家重点实验室占地12800m2；现有职工558人，其中临床医生120人，科研人员105人，护理320人，管理13人；博士及以上学历84人，副高及以上职称92人。呼研院拥有一支高水平的人才队伍，现有中国工程院院士1人、 973 项目/重大科学研究计划首席科学家1人、卫生部突出贡献专家4人、国家杰出青年科学基金获得者2人、国家优秀青年科学基金获得者1人、 广东特支计划 杰出人才（南粤百杰）1人、等。
展望未来，呼研院将致力于打造成全国领先、世界一流的呼吸系统疑难和危重疾病临床诊治中心、呼吸疾病防治临床与基础研究中心、呼吸疾病防治教学与人才培养中心，呼吸疾病防治研究成果产学研转化中心。呼研院将继续保持全国呼吸领域的龙头地位，致力于打造四大中心，为广州市、广东省乃至全国打造一张亮丽的科技名片。
