马克思主义学院前身是北京中医药大学社科部，1957年底成立，时名政治理论课教研组，1986年成立社科部，2003年6月与公共外语部组建文法系。2009年3月，学校独立设置社会科学部二级教学科研机构，与人文学院合署办公。2015年10月，成立马克思主义学院，独立设置二级机构，统一管理思想政治理论课和马克思主义理论学科建设，进行马克思主义理论人才培养。马克思主义学院设有六个教研室分别为：思想道德修养与法律基础教研室、中国近现代史纲要教研室、马克思主义基本原理教研室、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系教研室、形势与政策教研室、大学生成才与职业发展教研室。两个研究中心分别为：北京中医药大学马克思主义中国化研究中心，北京中医药大学思想政治教育研究中心。
学院现有专任教师人24人，教授4人，副教授7人，讲师13人；博士占88%，45岁以下教师占到75%。拥有教育部 新世纪优秀人才支持计划 1人，北京市新世纪中青年社科理论人才 百人工程 1人，北京高等学校青年英才计划2人；北京市优秀德育工作者2人，北京市思想政治理论课特级教师2名、北京高校思想政治理论课扬帆资助计划教师1名。2016年以来，马克思主义学院先后荣获北京市德育先进集体和学校先进基层党支部等称号。
学院承担全校本科生、研究生思想政治理论课教育教学和马克思主义理论学科建设及专业人才培养任务。面向学校开设共计40门课程，其中公共必修课和选修课程27门，马克思主义理论专业课程13门。有三门思想政治理论课被评为校级精品。学院教师先后获得北京市青年教师基本功比赛一等奖、北京市思想政治理论课教师基本功比赛一等奖、二等奖5人次。有校级教学名师1人，学校 我最喜爱的老师 1人，校级优秀教师4人、校级优秀班主任3人。2018年获批马克思主义理论一级学科硕士学位授权点。分别为马克思主义基本原理、马克思主义中国化、思想政治教育。
学院近三年新增国家社科基金后期资助项目、教育部人文社科研究青年基金项目、北京社会科学规划项目、国家中医药管理局、北京市中医管理局等校外课题17项，校内科研课题18项。新增科研经费近200万元。近三年出版著作13部（包含参与），发表科研论文100多篇。
在学校党委的统一领导下，在校各职能部门和有关学院的大力支持下，马克思主义学院各方面工作取得了很大进展，师资结构更为合理，教学质量与办学水平逐步提高，学科建设与科研工作明显提升，正日渐成为马克思主义理论教学和研究基地、服务于中医药专门人才和全面参与人类健康事业的复合型人才思想政治素质及人文素养培养的学院。
