理学院始建于1980年11月，经国家医药管理总局批复同意，基础部正式成立。并将无机教研室及英语教研室归基础部管理。
1984年4月，学校根据教学工作发展的需要，在基础部增设了电子计算机应用教研室，又称微电脑教研室，并将数理教研室分设为数学教研室和物理教研室，隶属基础部。1987年微电脑教研室更名为计算机中心，1988年3月数学教研室又分设为应用数学教研室和高等数学教研室。
1990年基础部作为学校第一个院部搬迁至中国药科大学燕子矶校区。
1992年2月28日有机教研室隶属于基础部管理。
1993年学校重新对教研室做了全面的调整，基础部根据需要分别成立了无机、外语、体育、数学、分析、物理、物化、有机8个教研室以承担相应的教学及科研任务。
1993年11月24日，成立计算机教研室隶属于基础部。1994年5月16日，成立中国药科大学外语培训中心，和外语教研室为一套班子，两块牌子，并隶属于基础部。
1995年12月，学校以分析化学教研室为基础成立了 新药质量标准研究中心 ，隶属于基础部。1996年9月19日，成立了 中国药科大学应用化学研究所 。
1997年基础化学实验室成立，并于1998年9月通过江苏省教委合格评估，1999年底被评选为江苏省高等学校教学实验中心，为全省高校中仅有的6个化学教学实验中心之一。
2000年4月7日，学校正式成立外语系，并归属于基础部管理，正式面向全国招生。
2003年信息管理与信息系统专业隶属基础部。同年9月，基础部建立了信息管理与信息系统教研室，调整教学计划，明确培养目标与要求，建立了合理的师资队伍。
2009年，外语系独立建制。2011年，成立环境科学教研室，逐渐夯实专业基础，保证新专业人才培养质量。
2012年5月基础部更名为理学院。
理学院拥有有机化学、分析化学、无机化学、物理化学、数学、物理、信息管理科学等7个教研室和1个化学基础实验教学示范中心、设有信息管理与信息系统1个本科专业，药物化学、药物分析、药学信息学、化学、应用统计等5个硕士学位授权点和药物化学、药物分析、药学信息学等3个博士学位授权点。现有教师190人，教授10人，副教授59人，省特聘教授、新世纪人才、333工程、青蓝工程等各类人才18人。
近年来，理学院主持、参与各级各类科研项目近百项；各级教改课题数10项；主编 十五 、 十一五 国家规划教材10部；省级精品课程4门；国家级教学成果一、二等奖各1项，省级特等奖1项，二等奖4项；省级精品教材奖6项。
理学院将不断改革与创新教育、教学与管理方法，进一步深化日常教育模式化、学习实践深入化和主题活动特色化，争取使教育教学科研等工作再上新台阶。面对新的机遇与挑战，我院将竭诚与社会各界携手，聚精会神搞建设，改革创新谋发展；以学科建设为主线，坚持育人为本， 产、学、研 相结合的办学思路，继承发扬 精业济群 的优良校风，共创理学院美好未来！
