厦门大学近海海洋环境科学国家重点实验室（英文：State Key Laboratory of Marine Environmental Science，简称MEL）于2005年3月获科技部批准建设，2007年顺利通过验收，2010年、2015年连续两次被评为优秀国家重点实验室。戴民汉教授为现任实验室主任，吴立新院士为现任学术委员会主任。
实验室现有固定研究人员63人，其中教授43人，副教授18人、助理教授2人；另有技术人员33人，研究助理60人，行政人员7人。实验室拥有中国科学院院士2人，国家高层次人才9人（其中国家高层次青年人才3人），特聘教授15人，国家杰出科学青年基金获得者6人。此外，实验室的一批年轻骨干队伍正在健康成长，已有国家优秀青年科学基金获得者5人，教育部 新世纪优秀人才支持计划 入选者8人，福建省杰出青年基金获得者3人。实验室还拥有2个国家自然科学基金创新研究群体、1个科技部重点领域创新团队和1个教育部创新团队。
实验室下设四个研究方向。方向一为海洋地球化学过程与通量，包括碳生物地球化学、氮生物地球化学、有机物和金属的生物地球化学；方向二为海洋生态过程与机制，包括微型生物生态过程、浮游生物生态过程；方向三为海洋生态与毒理效应，包括海洋环境变化生理生态效应、海洋生态毒理效应；方向四为海洋生态系统观测与整合，包括海洋动力过程与生态响应、海洋观测。
实验室瞄准与全球变化有关的重大科学问题，直面国家对海洋环境保护和生态安全的重大需求，立足基础研究，以多学科交叉为基础、以技术创新为动力、主攻海洋生物地球化学过程及其与海洋生态系统相互作用，关注在自然变化和人类活动影响下的海洋生态系统对环境变化的响应和反馈。
实验室坚持走国际化发展道路，科学研究力求具备国际视野，管理体系参比国际标准，文化建设崇尚自由宽松，努力建设成为具有重要国际影响力的海洋环境科学研究和创新性人才聚集的基地。
自2010年以来，科研人员主持 973计划 项目1项，国家重大科学研究计划2项，承担 973计划 项目课题6项、科技支撑计划课题3项，国家自然科学基金重点项目16项、国际（地区）合作研究项目10项、面上项目82项、优秀青年基金项目4项，青年科学基金项目21项，主持国家公益性项目3项、课题12项，在SCI学术期刊发表论文1174篇，其中在Science、Nature子刊、PNAS等高影响期刊发表第一单位论文10篇。
实验室坚持走国际化发展道路，通过国际合作基地、 111 创新引智计划、访问学者与开放课题基金、凌峰论坛等多种形式的合作平台，开展大量高层次学术交流和实质性的科研合作；搭建若干关键领域的联合实验室，与香港海洋污染国家重点实验室建立了伙伴实验室关系，着力推进与美国特拉华大学、缅因大学、法国巴黎第六大学、香港大学、香港科技大学、*** 中央 研究院等高水平院校的伙伴关系；发起 厦门海洋环境开放科学大会 ，举办了多次有较大影响力的大型国际会议及分会。
实验室创建良好平台，多渠道培养青年人才的国际化视野和科研素养。设立优秀博士生基金、杰出博士后基金、本科生暑期科研奖学金，每年举办国际性暑期学校、研究生学术论坛、短期讲习班；支持学生参加国际学术会议、国际暑期班；聘请知名学者开设海洋学核心课程及前沿学术讲座。近5年来，91%博士毕业生从事科研教学工作，15%的博士与发达国家毕业生同台竞技，获得洪堡、新加坡—美国麻省理工学院联盟（SMART）等博后奖学金，在美国、德国等一流科研机构从事博士后研究。同时，注重科学传播与公众教育，2010年8月领衔发起中国海洋科学卓越教育伙伴计划（COSEE China），聘用专职协调人员，推广海洋科学与文化教育，近5年来已举办4届海洋环境科学开放日，30余场公众科普讲座、中学生夏令营等活动。
此外，实验室重点建设了六个中心和十四个功能实验室，以及多个野外台站，向科研人员提供全面开放共享服务，为创新性研究提供技术支撑。为了更好地发挥这些共用平台的作用，实验室于2008年6月成立了 大型仪器与技术服务中心 （简称COMET），全面规范化管理实验室安全、仪器设备以及技术人员培训和考核，通过网络形式建立资产数据库、预约收费、耗材管理和仪器维护系统，真正实现了分散设备的虚拟集中管理，提高了大型仪器开放共享率。
