研究院是深圳市政府和清华大学于1996年12月共建的、以企业化方式运作的事业单位，双方各占50%股份，实行理事会领导下的院长负责制。研究院占地面积1.6万平米、建筑面积3.2万平米，1999年8月落成使用。
研究院恪守着清华 自强不息，厚德载物 的校训，秉承了深圳 敢闯敢试，兼容并蓄 的精神，以体制机制创新为核心，在实践中形成了独具特色的发展理念，确立了行之有效的发展战略，各项工作持续不断地取得了令人瞩目的进展与成绩。
研究院创立了 四不像 理论，即：研究院既是大学又不完全像大学，文化不同；研究院既是科研机构又不完全像科研院所，内容不同；研究院既是企业又不完全像企业，目标不同；研究院既是事业单位又不完全像事业单位，机制不同。
研究院确定了 四三二一 战略，即：四个加强，加强与清华的纽带，加强与政府的互动，加强与金融的结合，加强与国际的合作；三个重点，重点人才、重点项目和重点园区；两个关系，开拓发展和规范管理的关系，集体利益和团队激励的关系；一个核心，体制机制创新。
研究院定位于充当清华大学推进区域科技经济社会发展的典范、珠三角高科技上市公司的摇篮和华南地区人才培养的重要基地。据此，研究院提出了四个主要发展目标：第一，推出一大批拥有自主知识产权、面向市场的科技成果；第二，加速科技成果的转化；第三，培育高科技创业企业；第四，培养高层次人才。
研究院致力于金融助力的科技成果转化，借力于科技特色的金融体制创新，全面构建辐射海内外的科技创新孵化体系及产业投资平台，培育关乎国家经济命脉、具有行业领先地位、具备长期可持续的战略性新兴产业。
经过十几年的发展，研究院已逐步探索出 科技创新孵化器 的经营发展模式，建立了完善的 科技创新孵化体系 ，形成了科技金融深度融合的发展驱动方式。
