厦门市第二医院始创于1898年的鼓浪屿教会救世医院,1951年由厦门市政府更名为厦门市第二医院，走过一百多年近、现代发展历史，现为厦门医学院直属附属三级甲等综合性医院。
医院各类学科设置齐全，始终坚持 三名 战略（名医、名科、名院），不断优化学科结构和各项资源配置，提升整体医疗水平。医院设有一、二级临床科室37个、医技辅助、行政科室36个 ，并拥有一个市级医学中心（厦门市呼吸疾病诊治中心）和六个市级规划重点专科（慢性肾衰诊治专科、泌尿结石诊治专科、妇科腔镜专科、职业病中毒救治专科、脑卒中预警诊治专科、肿瘤放射诊断），在闽西南地区拥有较高知名度，其中呼吸介入诊疗技术达国内先进水平。
医院开放病床数1000张，总占地面积约6.65万㎡，总建筑面积11.71㎡（其中业务用房10.38万㎡）。医院内、外各项设施齐全、医疗设备先进，患者就诊环境优雅，导医客服关怀备至，突显 百年救世、诚毅永恒 医院文化的人文情怀。
作为厦门医学院直属附属三级甲等综合性医院和福建省内各医学本科院校的教学医院，承担临床理论教学与临床各类实习，拥有现代化临床教学教室、继教培训各类设施，以及福建省住院医师规范化培训内、外、妇三个基地。取得国家教师资格并承担临床教学工作的，可参加高校教师职务评聘。
医院还建立了高级人才引进与学术后备人才动态培养机制，并在厦门市政府对高层次人才给予的优惠政策外，又设立了高级引进人才专项补贴和医学学术与技术后备人才培养基金，为各类人才提供良好的发展平台。
